根据国务院南水北调工程建设委员会办公室《 关于有关省市组建南水北调工程办事机构意见的函 》（国调办综函[2003] 9号），经市政府批准，设立北京市南水北调工程建设委员会办公室（简称市南水北调办）。市南水北调办是北京市南水北调工程建设委员会的办事机构。

　　主要职责

　　（一）贯彻落实国家南水北调工程建设的有关法规、政策和管理办法；起草南水北调工程中线北京段配套工程（以下简称市南水北调配套工程）建设与管理方面的地方性法规草案、政府规章草案，并组织实施。

　　（二）负责市南水北调配套工程建设资金的筹措、管理和使用，参与组织有关审计工作；组织拟订并实施市南水北调配套工程特许经营方案。

　　（三）负责提出市南水北调干线工程、配套工程（以下统称市南水北调工程）有关投资调整建议；负责市南水北调配套工程项目建设投资计划的组织实施和监督管理；参与研究市南水北调工程基金方案及供水水价方案。

　　（四）组织研究市南水北调配套工程布局优化、重大战略课题以及配套工程规划、项目建议书、可行性研究报告、初步设计等有关前期工作。

　　（五）负责市南水北调工程的建设管理，协调解决工程建设中的重大技术问题；参与市南水北调干线工程竣工验收；负责组织市南水北调配套工程竣工验收。

　　（六）负责市南水北调工程征地拆迁和专项设施迁建的组织、协调、监督及管理工作；监督征地拆迁资金的使用。

　　（七）负责市南水北调工程安全运行、供水安全的监督管理和应急管理，协调解决相关水事纠纷；负责市南水北调工程的保护工作，组织工程保护规划的编制和实施，依法查处危害工程安全的违法行为；监督检查市南水北调工程防汛度汛工作。

　　（八）协助市水务行政主管部门负责南水北调来水水量调蓄、配置和利用；负责南水北调来水水质监测。

　　（九）协助、配合国家有关部门对市南水北调干线工程的监督检查和稽察工作。

　　（十）负责市南水北调工程建设中环境保护、生态建设等重大问题的协调，参与指导、监督市南水北调工程项目内文物保护工作。

　　（十一）承办国务院南水北调工程建设委员会办公室、市政府及北京市南水北调工程建设委员会交办的其他事项。

　　其他事项

　　（一）市南水北调办对市南水北调配套工程建设质量、建设进度、资金安全等方面进行全过程监督和稽察，全面承担监督职责；市发展改革委按照有关规定派出重大建设项目稽察特派员，对市南水 北调配套工程项目进行重点稽察。市南水北调办和重大建设项目稽察特派员在稽察中发现涉及市政府有关部门和有关区县政府职责权限的问题，移交市政府有关部门 和有关区县政府处理。

　　（二）市南水北调工程建设期的工程建设行政管理职能由市南水北调办承担，工程建设任务全部完成后的行政管理职能根据市政府有关要求另行规定。

　　（三）所属事业单位的机构编制事项另行规定。